絕對的力量一旦到位，蘇無忌的雷霆手段便再無顧忌。
蘇無忌第一件事，便是徹底解決那近兩萬降卒的隱患。他并未簡單地將所有人定為叛逆，而是采取了分化，甄別，懲首，收編的策略。
他下令在百姓和降卒中公開懸賞舉報，并派東西二廠密探暗中查證，短短三日內，便將那些在圍攻京城期間，曾主動參與擄掠婦孺，欺壓百姓，奸淫擄掠，民憤極大的兵痞惡徒，一一揪出。人數竟有近千之眾！
而這近千之眾，蘇無忌毫不留情，直接處以極刑！
京城菜市口，連日血腥未散之地，再添新紅。
近千顆人頭滾滾落地，罪名明確，證據確鑿，當眾行刑。圍觀的京城百姓無不拍手稱快，積郁多日的怨氣得到了部分宣泄。此舉既嚴懲了惡徒，順應了民心，又向其余降卒傳遞了清晰信號：放下武器可免“叛逆”之罪，但個人惡行，仍需清算！
隨后，蘇無忌下令：所有降卒中受傷者，給予醫治后發放少量錢糧，登記造冊，遣散歸鄉！
剩余約一萬三千名身體健全且經核查未有嚴重劣跡的士卒，全部打亂原有建制，拆散混編入蘇無忌的嫡系部隊之中，由蘇無忌的嫡系軍官嚴加管束，重新訓練。
至此，這支投降的外禁軍，被徹底消化吸收，成為了蘇無忌麾下的一部分力量！
等過段時間，蘇無忌將其消化后，結合援軍和紫禁城殘余兵力，便能打造出一支五萬人的強軍！
解決了降卒問題，真正的清算，終于指向了此次叛亂的根源——那些盤踞在帝國肌體上的毒瘤。
第一刀，蘇無忌直接砍向勛貴集團！
太后上官嫣兒在蘇無忌的“建議”下，連續下達懿旨，昭告天下：
魏國公徐鵬舉，英國公張維賢，身為世襲罔替之國公，世受國恩，竟行謀逆篡位，禍亂京畿，荼毒生靈之十惡不赦大罪！著即褫奪一切爵位，封號，食邑，兩家所有財產按老規矩！太后一半，蘇無忌一半！
其莊園土地交由蘇無忌管理，行土地改革！
兩家親族嫡系全部下獄候審，旁系子孫永不得錄用為官，五代之內不得科舉！
這僅僅是開始。東西二廠和西廠的番役們，拿著從魏國公，英國公府邸密室中抄檢出的海量密信，賬冊，名單，如同嗅到血腥的鯊魚，撲向全國各地！
這些密信駭人聽聞地揭示了，為何白蓮教能在中原腹地坐大成患——正是以魏國公和英國公為首的一批地方勛貴，衛所軍官，或明或暗地資助縱容，甚至勾結白蓮教！他們養寇自重，借匪患向朝廷索要錢糧兵權，更企圖利用白蓮教消耗、引出乃至除掉蘇無忌這個他們眼中的“閹黨新貴”！
“查！給本督一查到底！凡名單所涉，與逆勛勾結，資匪禍國，貽誤戰機者，無論爵位高低，官職大小，一律鎖拿進京！家產抄沒，重者處斬，輕者流放！”蘇無忌的命令冷酷無情，正好借此機會，將勛貴們一網打盡！
一場席卷大半個大昭勛貴集團的風暴驟然刮起。無數靠著祖蔭混吃等死，盤剝地方，甚至手握兵權的公侯伯爺，衛所指揮使，被如狼似虎的廠衛從錦繡堆中拖出，押上囚車。他們的莊園被查抄，糧倉被打開，隱秘的罪行暴露在光天化日之下。
蘇無忌要用這場鐵血清洗，告訴天下人：大昭，不再需要，也絕不容許這些躺在祖宗功勞簿上吸血的蛀蟲存在！
他要打斷勛貴集團把持軍權，干預朝政的脊梁，為后續更深入的改革掃清障礙。一時間，天下勛貴人人自危，哭嚎震天，卻又無力反抗掌握了絕對武力并挾大勝之威的蘇無忌。
勛貴之后，便是對此次京城叛亂直接參與者的最終審判。
金鑾殿上，雖皇帝依舊“抱恙”不出，但太后垂簾，文武百官齊聚，氣氛肅殺。周明遠與方世勇被押至殿前。
對于周明遠的處置，蘇無忌與太后早有默契。太后頒旨，聲音清冷：“原內閣首輔周明遠，身為宰輔，不能匡正君惡，反附逆謀亂，罪同不赦！然念其懸崖勒馬，陣前反正，于破逆有所貢獻；更兼身為國丈，有議親之典。著即革去一切官職，爵祿，削職為民，遣返原籍，永不敘用！周氏一族，其余人等不予株連，然需閉門思過，謹守本分。”
削職為民，永不敘用。這對一個曾位極人臣、野心勃勃的政治人物而，已是政治生命的終結，但比起抄家滅族，已是網開一面。周明遠面色灰敗，叩首領旨，踉蹌下殿，背影佝僂，瞬間老了十歲。他知道，這已是女兒能為他爭取到的最好結果，也是蘇無忌對他“及時倒戈”和皇后情分的最后一點“酬謝”。
輪到九門提督方世勇時，氣氛陡然不同。
太后依律宣判：“九門提督方世勇，執掌京畿鎖鑰，受哀家重托，竟開關迎賊，助逆攻城，致使京畿涂炭，罪惡滔天！依律，當處極刑，株連三族！”
方世勇早已嚇得癱軟在地，聞如遭雷擊，猛地掙扎起來，涕淚橫流，以頭搶地，嘶聲哀嚎：“太后娘娘饒命！太后娘娘饒命啊！罪臣……罪臣是豬油蒙了心，是聽了周明遠的蠱惑啊！罪臣已然悔悟，棄暗投明，朝廷有在先，放下兵器者免死啊！罪臣已經放下兵器了！周明遠首惡都能免死，罪臣只是從犯，罪不至死啊！朝廷不能失信于天下啊！！！”
他喊得聲嘶力竭，句句扣著“朝廷承諾”和“周明遠先例”，倒讓簾后的太后一時語塞。殺，有違之前“脅從不問”的宣傳，恐失人心；不殺，如此叛逆重臣逍遙法外，國法威嚴何在？朝廷體統何存？殿上文武也竊竊私語，目光閃爍。
就在太后沉吟、方世勇以為有一線生機之際，一直沉默立于武官班首的蘇無忌，忽然出列。